Bij de verbranding van hout in een houtkachel komen er roet, fijnstof en polycyclische aromatische koolwaterstoffen vrij. Hierdoor is het gebruik van een houtkachel schadelijker voor het milieu dan wanneer men bijvoorbeeld een gaskachel zou gebruiken op warmte te genereren. Hier staat echter wel tegenover dat ze (afval)hout gebruiken als brandstof en daardoor CO2-neutraal zijn.
Het rendement van de moderne houtkachels is, in vergelijking tot de oudere modellen, dermate hoog dat er een rendement kan worden bereikt dat ligt tussen de 80 en 90 procent. Wanneer een houtkachel een dergelijk rendement behaalt kan men spreken van een HR houtkachel ofwel een Hoog Rendement houtkachel. Men heeft met deze Hoog Rendement houtkachel dus minder hout nodig om een even groot rendement te behalen als een gewone houtkachel. De uitstoot van verbrandingsproducten is daardoor ook aanzienlijk lager.
Maar of men nu een gewone of een Hoog Rendement houtkachel heeft, er dient altijd een afvoer te zijn voor de rook en verbrandingsgassen. Deze afvoer dient gemaakt te zijn van een hittebestendig materiaal zoals roestvrijstaal. Vanaf de achterzijde van de houtkachel zal deze afvoer dan via de schouw en de schoorsteen de rook en gassen naar buiten voeren.
Omdat er roet en verbrandingsresten in de rookafvoer achterblijven is het wettelijk verplicht om tenminste één keer per jaar de schoorsteen te laten vegen door een erkende schoorsteen veger. Deze zal na het vegen van de schoorsteen een certificaat achterlaten dat men aan de verzekeraar dient te overhandigen om verzekert te zijn tegen brandschade bij zowel de eigen woning als bij eventuele buren.
