Een zonneboiler produceert warm water door gebruik te maken van zonne-energie. Het beste rendement kan men met een zonneboiler dan ook tijdens de zomermaanden behalen.
Het gebruik van vloerverwarming daarentegen heeft men met name gedurende de koude, en vooral ook donkere, wintermaanden nodig. Een zonneboiler gebruiken ten behoeve van de vloerverwarming is dus niet direct kiezen voor een zo hoog mogelijk rendement. Het meest voor de hand liggende doel van de zonneboiler zal dan ook al snel de productie van warm water voor het gebruik van alle dag zijn.
In de zomermaanden kan de zonneboiler zorg dragen voor de totale behoefte aan warm water. Hierdoor kan de conventionele manier van verwarming van water uit worden geschakeld. Tijdens de winter zal men deze manier van verwarming van water echter wel van tijd tot tijd nodig hebben. Met andere woorden: voor het verwarmen van de vloer zal dan de conventionele manier gebruikt worden voor het opwarmen van het water. Het gevolg hiervan is dat er ook conventionele brandstoffen zullen worden ingezet om het water mee te verwarmen.
Het gebruik van een vloerverwarming die door een zonneboiler wordt verwarmd is dus niet of nauwelijks rendabel. In de meeste gevallen zal een conventioneel verwarmingstoestel moeten bijverwarmen of zelfs de volledige verwarming van de vloer op zich moeten nemen. Dit is niet alleen onvoordelig voor de portemonnee maar zeer zeker ook voor het milieu.
De subsidie die men kan aanvragen bij de aanschaf van een zonneboiler zal er dan ook weinig of niet toe bijdragen dat het rendabel wordt om de vloer te gaan verwarmen met een dergelijk apparaat.